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实际上，若方运没有上达礼殿和刑殿的能力，没有圣院为他背书，早就被所有官吏声讨。
方运去户房有一明一暗两个目标，明里的目标是让户房书办带着他去宁安县田地，了解农事。
由于许行世家派出两个农家进士相助，方运视察农事非常顺利。不过牺牲了去工坊的时间，他现在每三天画一套机关的图纸，让工殿的人自己研究并制造。
暗里的目标，则是彻底了解户房，为接管户房做准备。
三月初三，《瘟疫防治法》《瘟疫分类》和《瘟疫预防大全》三套瘟疫系列文书同时问世，方运直接上交医殿，同时把《瘟疫防治法》的副本交给刑殿和刑部。
新的瘟疫分类引发了医殿的争执，因为方运完全用华夏古国的“五因学说”中的外感病因的疠气作为解释。并且把所有传染病的病因归到疠气，这在温热病没有大行其道前，是不可想象的。
面对铺天盖地的质疑和反对，方运岿然不动。他没那工夫争论，不仅要修订《瘟疫论》的上半部，还要写完下半部，并且剔除原作者吴又可的一些疏漏。然后再拿出极重要的三焦辩证，为圣元大陆建立温病学派打下基础！
三月初七，方运与一众幕僚开早会。幕僚强烈建议他从申主簿手里夺回户房的大权，但无论那些幕僚怎么劝，方运始终没有答应，甚至让一些人泄气。
