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实际上，圣父的命令是有些奇怪的。
这里需要先提一脚废土世界学院的背景。
沈辰清楚，他前世游戏主角的儿子——尚恩，便是向他们这些发布命令的“圣父”。
而学院作为废土最大的幕后黑手，潜藏在联邦理工地下，遥控着整个废土世界，他们所仰仗的手段，便是他们这些合成人！
但是三代合成人的出现，由于他们生理接近人类，同时拥有相当高的智能，也就变成了动乱之源！
如果这样去看，圣父发布的命令，也就可以勉强解释了；一些混乱的合成人，以及铁路组织的暗中破坏，对学院在废土的行动造成了极其不良的影响。
可是，沈辰也知道，所谓合成人的“圣父”，学院的最高领导人尚恩，并不代表所有董事的意志，甚至他本身，也处于摇摆当中。
学院可是有一个计划，用完善的新型合成人，代替地面人，从而重塑联邦秩序，借用地表资源发展，随着时间推移，最终恢复到战前的模样。
那么，这个计划，不正和圣父的命令相反吗？
密涅瓦发觉的潜藏秘密，恰好解释了这个，由于玩家的加入（在世界法则的帮助下），尚恩清楚自己掌握了一支强大的合成人力量，已经拥有了改变学院内部势力比重的可能。
沈辰也是捡过好久破烂的玩家，他比盖姆世界的研究者，更清楚学院内部；在游戏中，尚恩到死都没能完全统合学院力量，他前世完成的一些任务，很大一部分程度，都是帮助尚恩，驱除学院内“不纯洁”的敌人！
（Ps：克劳格、尼克这些合成人，肯定是不会完全帮助尚恩，干掉所谓的背叛者，还有拿到那个振荡器的。如果把父子关系撇开，更像是前一任领导人，让后一任干掉竞争对手，才让你上位。）
