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杨振替方一藻求情，让崇祯皇帝觉得，这个方一藻仍有可以利用的地方。
虽然他节制不了祖大寿麾下的辽东军，但是对杨振所部兵马还是很有影响的，所以对于朝廷节制指挥杨振所部还是有用的。
恰好根据兵部尚书陈新甲的提议，今后杨振所部的兵马要转隶京营，兵部对杨振兵马的节制指挥，要通过山海关的兵部分司来进行。
这样一来，山海关的兵部分司衙署，就需要安排一个对杨振有影响的人来主理。
崇祯皇帝略一想，就把这两个事情二合一处理了，正所谓一事不烦二主，对杨振所部兵马的节制指挥，还是得交给方一藻来办。
可是如何安排这个方一藻呢？
崇祯皇帝还真是费了一番脑筋。
方一藻身为辽东巡抚，驻在宁远城中，却不能有效节制指挥宁远城中的辽东军，这一点让崇祯皇帝对他十分不满。
这一次，崇祯皇帝将他从辽东巡抚位置上拿下来，是对他的一个惩处，自然不可能再给他一个更高的或者平级的职务。
可是既然还要用他，那么将他从辽东巡抚这样的高位，一下子直接降到山海关兵部分司郎中的位置上，却又有点过了。
山海关内的兵部分司，在其设立之初级别不高，最大的官员是兵部派来的主事，叫做兵部分司主事。
后来山海关的地位越来越重，山海关内的这个兵部分司主官的级别，也开始提升，升为兵部分司郎中。
可是即便是升格为郎中，也不过是正五品而已，与巡抚这个从二品起的职务相比，其中的差距可谓十分悬殊。
于是，崇祯皇帝权衡了一番之后，最终给了方一藻这个前辽东巡抚一个兵部添注侍郎的头衔，让他坐镇山海关兵部分司，专理与杨振所部兵马的联络事宜。
