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接下来的事情，在东都百姓和一般官吏，甚至寻常宗室眼中，都是雾里看花，看不真切，直到天子亲军左都督秦政镇压林如真叛乱，枭其首，斩其党羽二十人，亲自领兵解直隶之围，神宗皇帝在二十万天子亲军的护卫下返回东都，太子兵败，形势才彻底明朗。
秦隶仓皇出逃，最终在直隶州境内被秦政拦住。
此事过后，神宗皇帝极为震怒，下诏将太子秦隶贬为庶人，斥其为肆恶暴戾，且目无君父，无忠义、无仁孝、无贤德，与禽兽无异。同时以失察渎职之罪将暗卫大都督流放岭南，令左都御史和暗卫府左都督萧烈为钦差大臣，严查太子一党，务求除恶必尽。
此次太子谋反案株连甚广，身为太子太师的内阁首辅方何首当其冲，第一时间被免去所有官身，投入诏狱。有三品以上官员，共计十六人被杀，其中方氏一门，被满门抄斩，无一幸存。
不过也有人在太子谋反案中更上一层楼，不是那位左都御史，他在结案之后，被神宗皇帝随便寻了个无关大碍的罪名，贬为琼州布政使，一辈子都未能再返回东都。真正得利的是秦政、李严、萧烈三人。
秦政由天子亲军左都督升任为东都大都督，统二十万天子亲军，节制五城兵马司衙门。内阁次辅李严升任内阁首辅，握有票拟大权。还有日后的大齐武祖皇帝萧烈，送自己的结发之妻方璇喝下一杯毒酒之后，由暗卫左都督升任暗卫大都督，并迎娶神宗皇帝之妹陵安公主，生下了萧家二公子萧瑾，成为名副其实的皇亲国戚。
