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平奢崇明之战中，与候良柱、秦良玉互相配合，成功将张彤一部叛军遏制在成都周围，为亲征军到来平定局势，争取了时间。
他应声遵旨后，心中似乎有事，垂眸出神，良久复又一叹。
朱由校刚刚起身，见他这副样子，脚靴在地上一顿，又坐了回去，问：
“朱燮元，有什么话直说。”
“是。”朱燮元行礼，也不含糊，直言道：“陛下当真看不见，脚下的这片川蜀大地，已破落成什么样子了。”
“梧桐落尽，残荷盈池。陛下就打算这样一走了之吗？”
“朕自然不会一走了之，如果你是担心这个，大可不必！”朱由校瞥他一眼，静静说道。
朱燮元再度抬起头，见他此时眼眶已经泛红，说道：“既然陛下不走，那就要整治西南，若陛下要中兴大明，一个安定的后方，必不可少！”
“国朝自洪武以来，就在西南各省，实行改土归流之策，行至今日，成效甚微！”
“今既已平定叛乱，就该宣告四方，慑以武力。陛下可强令各土司改土归流，为他们重新划分土司地界。”
“大土司要打掉，今后四川境内绝不可以再有类似奢崇明的大土司家族。“
“至于小土司，可以将他们的地方变成府、州、县，由朝廷派遣流官治理，如有不服，派兵征伐也要强制改动！”
“土司世代承袭制度，实不可取！”
