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当时在四川的官军，土、汉兵各占一半。
然而西南大战并非是一帆风顺，土兵一般都是对朝廷诏令阳奉阴违，骄横无礼、不肯尽力。
各地督抚往往为顾全平叛大局，不敢过分处置，每遇土司兵鼓噪，就使金帛宽慰，驱使土司兵效命。
至于入川官军，从白杆军至地方卫所军，战斗力参差不齐，装备军械新旧不一，诸将领也养寇自利，争相内斗。
如都司许成名等，为自身看法所束缚，进退不能遵行令，以致贻误战机，使奢氏之乱迟迟未定。
朱由校平定四川，御驾班师以后，改变了西南各省对土司的地方政策，朱燮元也因战功升任四川巡抚。
当时，朱燮元认为朝廷大军撤离后，四川实际上已无贼寇，便将目光着眼于教化土司，安定土民。
其实天启元年奢氏永宁卫的收复，使大明拓地千里，将原本只有名义上统治的永宁卫一带，重新置于天启朝廷的有力统治之下。
朱燮元就任四川巡抚后，也发挥了卓越了军事、政治才能，一改前任徐可求对土司的敌视态度。
原奢氏土司最富庶的土地，纳入朝廷永宁卫下辖，为官军直驻，其余土地则被他分设四十八屯，赐给土司军队中的平叛有功者。
四川当地，除奢氏外还有几家大土司。
朱燮元趁平叛余威仍在，将这几家大土司的土地分割开来，用战功封赏的由头分赐给一些有功的小土司将领，命他们每月向官府进献岁赋，称为“屯将”。
