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事实上，张居正把他拉进内阁，培养成接班人，原本是希望自己在将来得到关照的。这一点申时行没能做到，也做不到。他只能听任万历定张居正的罪，抄他的家，顶多能为老太太求点情。但是当有人捕风捉影捏造罪名，要将张居正以大逆论处，开棺戮尸时，申时行毅然出手救援。他向皇帝指出，此奏以暧昧之词诬人谋反，如若查办，只怕谗言就会接踵而至，这可不是清明之朝该有的气象。万历最怕别人说自己是昏君，张居正这才保住了最后的体面。<sup><a id="noteref_25" href="#footnote_25">[25]</a></sup>
不过，最让申时行为难的，还是张居正。
考成法却只能废除。这不仅出于“去张居正化”的政治需要，也出于申时行自己的考量。在他看来，张居正除了有过度自信﹑严峻细刻﹑得理不让人﹑生活作风不够检点等等问题外，最大和最根本的错误在于完全不懂如何治国。
但这怪不了申时行。恰恰相反，这个事件证明了万历的不视朝，并非他的责任。按照雒于仁的说法，陛下身体不好也是真的，只不过事出有因而已。但，皇帝的私生活又哪里是申时行管得了的？也只能说些“清心寡欲”的空话。何况留中不发的事情也早已有之，史载十五年十月大学士申时行请发留中章奏就是证明。那时，雒于仁还没上书。<sup><a id="noteref_24" href="#footnote_24">[24]</a></sup>
当然，申时行没有说过这句话，但应该认真想过考成法的初衷和利弊，结论是弊大于利，得不偿失。事实上，税赋能否如额征收，盗匪能否按时捕获，并不完全取决于官员的努力和能力。如果以此作为考评的条件，不是导致基层弄虚作假，就是逼得他们诬良为盗，这又岂是圣朝气象？
实际上，酒色财气有没有，还真不能摆到桌面上，除了装糊涂也不会有更好的办法。只是申时行没有想到，万历却学会了耍赖皮。以后遇到难题，甚至仅仅心情不好，就来个装聋作哑，留中不发。哪怕事情十万火急，也如此。
就连提高行政效率，也没有必要。帝国的治理目标原本不高，只要黎民不饥不寒，官员不吵不闹，就是太平，那又何必提高能力和效率？相反，政令的雷厉风行，考绩的公平认真，只会给文官集团带来恐惧和不安。官不聊生必定朝野动荡，因此维持政府的低效和低能反而是人间正道。
这个滑头耍得善意。
太平无事，无事即太平。
申时行只好和稀泥。他建议将奏疏留中不发，同时传谕大理寺，让他们暗示雒于仁因病请辞。结果，是该官被罢但没有受到廷杖，皇帝的面子和他的屁股都得到了保全。<sup><a id="noteref_23" href="#footnote_23">[23]</a></sup>
