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公元231年，诸葛亮发动第四次北伐，汉之云故事开始。飞羽执行各项特殊任务，包括袭击魏军后方诱战，掩护汉军上邽割麦等。直至汉军粮资匮乏无功回师，飞羽于木门道负责断后并诱杀魏将张郃。魏国秘密组织铜雀尊者正式建立。
公元232年，飞羽受任四下寻找关羽，张飞以及赵云昔日所用之武器。华妍与马弃前往曹操疑冢寻回《青囊经》。暮云失手将养父徐庶杀死，此后尊徐庶遗命保护诸葛亮。芝茵带着将死的应龙返回天界。兰茵为救徐暮云而死。
公元233年，飞羽受任寻找续命之法所需之雪山玉参，归来途中救助孙权出使于公孙渊之使者，继又前往巫山寻回巫山瑶花。诸葛亮着手准备第五次北伐。端蒙刺杀诸葛亮未果，其后加入羽之部行动。
公元234年，飞羽前往洛阳刺杀曹睿（紫衣）未果。诸葛亮第五次北伐。飞羽设计，将司马懿困于葫芦谷；曹睿来救，但为朝云重伤。北伐依然无功，以续命之法复活的赵云为了汉国得以休养生息，决意令飞羽刺杀屡屡劳师动众的诸葛亮。观星台三上三博，最终诸葛亮亡故，朝云杀暮云后二人剑气合二为一。而曹睿重伤不治身亡，其胞兄取而代之。笙儿之妹磬儿（赤衣）为替爱侣曹睿报仇，来到观星台与飞羽众人展开殊死决战。最终，飞羽解体，朝云带着耶亚希以及她的族人回到夷洲，之后独身前往山海界；而笙儿则告知赵云行刺诸葛亮的幕后黑手正是诸葛亮本人。汉之云故事结束。朝云以盘古斧之力进入山海界，以求解救天女青儿。在山海界中，他将身体交由暮云的意识控制，自身陷入沉睡。在他进入山海界的同时，也将无法控制自身力量而弑亲的陆承轩一同带入。此时山海界中东皇钟也已转世为夏柔。天女之灵无法继续维系封印，天女封印力量衰退，山海界天气异变。因资源匮乏，山海界进入战争状态。轩辕剑伍故事开始。皇甫暮云救出天女之魄，积极收集不灭之火意图以朱雀灵兽破除青龙灵兽的封印。陆承轩与夏柔相识，同去遗世之都接受继任青龙圣者的测试。夏柔被选中为第三任青龙圣者，寻找失散的二十八颗星曜石。天女之魄青魅占据青龙圣者身体，完成魄灵合体。
分支1：星曜石收集齐全。朱雀灵兽复活，天女完全苏醒。因皇甫暮云的牺牲，天女自愿被再度封印。
分支2：星曜石收集不齐全，一场恶战后青魅被消灭，而皇甫暮云和陆承轩同归于尽，恢复为神器原形此为我们所存在的历史。轩辕剑伍故事结束。夏柔将轩辕剑送回轩辕界（人间），但因两界间时间流动速度不一，此时轩辕界已过百年，皇甫朝云与耶亚希灵体相会。
公元244年，续命之法效尽，赵云再度亡故。此后笙儿以伏羲琴之力消除众人对飞羽的记忆。公元246年，费祎掌权，销毁所有关于飞羽的资料。
公元363年，桓远之出生。
公元366年，慕容诗出生。
公元373年，太一神殿大门千年一次再度打开的日子，慕容诗再见桓远之的日子（此时间按照计算得来）。
公元383年，淝水之战。
分支1：秦国大败晋国，桓远之巧入桃花源，遭遇疾鹏，得知了五岳阵和失却之阵，遂利用天书和尚在神器殿的上古神器布下失却之阵回到了春秋时代，意图改变历史。但是此段历史因为桓远之的关系，使得存在率完全消失，所以也就不存在，并不是我们所经历的历史。分支2：由于桓远之成功的利用五岳阵成功的影响了生克。晋国大败秦国，慕容诗在水镜（留侯夫人）的帮助下，带着这个时代的轩辕剑（剑是慕容垂给予，因此推测，轩辕剑应该在之前就从水镜手中脱出），利用桓远之在云中界造成的时光裂痕，回到了春秋时代，也意图改变历史。由于成功添加上“秦克晋”的生克，加速了历史进程（造成七曜使者的原因），所以此段历史亦不存在。
分支3：由于桓远之成功在太一轮上添加了“晋克秦”的生克。晋国大败秦国，慕容诗在水镜的帮助下，带着这个时代的轩辕剑，利用桓远之在云中界造成的时光裂痕，回到了春秋时代，也意图改变历史，但是没能成功。与前世车芸记忆融合，回到属于她的时代，将一些受到战争殃及的百姓带入桃花源（云中界）。
公元589年，扬拓（宇文拓）出生。
公元599年，独孤宁珂出生。
公元600年，拓跋玉儿出生。独孤宁珂夭折，身体被妮可依附。
公元601年，陈靖仇出生。陈朝遗族在江南兴兵意图推翻隋朝，复兴大陈，但是遇到扬拓（宇文拓）以及所携轩辕剑，全军覆没。
公元602年，于小雪出生。
公元615年，8月，隋炀帝屠戮拓跋部落。10月，陈靖仇开始学习鬼谷道术，张烈回到北方重整拓跋部落。
公元616年，3月，宇文拓利用自身力量得知天之痕所在以及修补方法，北上涿郡取神农鼎，独孤宁珂提供代替虚空之阵的巴别之路，宇文拓开始修建通天塔。4月，独孤宁珂告密宇文拓私藏神农鼎。5月，陈辅带陈靖仇去伏魔山寻找昆仑镜，天之痕故事开始。陈辅和饕餮同困伏魔山洞，陈靖仇月河村初遇小雪，6月（猜测），黑山镇与玉儿相逢。7月，宇文拓开始命令属下执行万灵血计划，第一次万灵血雁门启动。拓跋玉儿混入龙舟行刺隋炀帝。在豆子坑遇到程咬金等人，东莱第二次万灵血，同时从独孤宁珂手中取回神农鼎。8月，得知公山铁逝世，出海寻仙。在历经氐人，黑龙王，玉儿毁容等剧情之后，终于救出陈辅，且从仙山岛回到中土。之后宇文拓积极活跃于整个游戏，万灵血全部完成，小雪背叛，玉儿惨死。同月，一切真相大白，独孤宁珂终于露出本来面目。
分支1：魔界降临。从古月圣口中隐约得知轩伍故事梗概。陈靖仇一行利用失却之阵回到过去的时间点，以便阻止魔界入侵。但是此历史中，已经无法改变魔界降临的事实，即使万灵血已经被毁，可以阻止进一步结界裂缝的增大，但是由于本属于此历史中的陈靖仇一行的离开，对于之后的事态发展，无法预计，且此历史已经不属于我们所处的历史了。
