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分支2：魔界降临历史中的陈靖仇一行来到本历史魔界尚未降临之前的时间，玉儿借由天女白玉轮阵法复活。最终九天结界的封印完成，众人成功的阻止了魔界入侵，然后陈靖仇不得已诛杀魔化陈辅，小雪也变回了女娲石原形（玉儿结局）。张烈看出李世民有弑父杀兄之相，古月圣答应若李世民施*，则让其染疾而亡。
分支3：内容同分支2，唯一的不同在于玉儿没有被复活，小雪则保持人类的形态（小雪结局）。天之痕故事结束。
公元625年，唐朝建立。陈靖仇一行人成功修补九天结界后所回到人间的时间点。宇文拓带着炼妖壶和藏有独孤宁珂（妮可）灵魂的伏羲琴，去了西方。陈靖仇接管了轩辕剑。
公元626年，玄武门之变，李世民发动政变，杀死其兄李建成以及弟弟李元吉。后李渊立李世民为太子。
公元628年，陈靖仇和于小雪去终南山祭拜陈辅的衣冠冢，遇到投胎转世的拓跋玉儿（对应小雪结局，此结局为预设结局）。
公元628年至公元649年间，康那里士质疑永生的可能性，被逐出教会。他开始学习黑魔术，并对自己施以僵尸之法，四处咒杀可能对他不利的人。后遭围剿死去，但依旧能以尸体的形态活动。
公元649年，古月圣依诺，让李世民染疾而终。
公元725年，独孤宁珂的灵魂净化完成（以公元625年为起点计算100年）。
公元729年，赛特出生。
公元741年，赛特开始为丕平三世担任谍报工作。
公元749年，赛特奉命寻找战争不败之术（王道），轩辕剑叁故事开始。在威尼斯遇到独孤宁珂转世的恶魔妮可，后又在地中海上妮可的故居移动岛结识大食女战士薇达。公元750年，赛特到达中东地区，来到了肯迪之家学习占星术，之后大食内乱，与精灵卡玛和黑猫安卡相遇，并结识了从中国少林寺来的僧人慧彦。
公元751年，赛特来到巴格达，认识石国王子远恩与段秀实。之后挟持了远恩，一行人行经怛罗斯，慧彦为阻止大食入侵，在战场上阵亡。
分支1：塞特与麦尔斯联手，开始夺取中东以及欧洲的控制权。
分支2：塞特一行以及麦尔斯均因蜃楼王的关系进入了幻象历史中，后在轩辕剑仙的帮助下脱离幻象。最终塞特到达中国，住在翰林学士白连仪家，开始学习王道精神。
公元755年，赛特掌握安禄山谋反证据，通过密道闯入皇宫，在毁掉撒旦的肉身（麦尔斯）之后，被撒旦所杀。
公元756年，安史之乱，唐朝陷入动荡时期。
公元769年，薇达身故，赛特回到欧洲，寻找妮可的转世，且协助查理曼大帝建立大业。公元790年，赛特身故。其后，轩辕剑与炼妖壶一同则辗转回到中国。
公元855年，撒旦力量足够，脱离炼妖壶。其后炼妖壶由少渊峰墨门保管，轩辕剑则由梁错祖先保管。宋代，墨门掌门之女朱媛沅误释九天，被其噬魂附体，辅子洵重伤。轩辕伏魔录故事开始。辅子洵被丁群父女所救。少渊峰墨门被九天所灭，辅子洵为报师仇和夺回炼妖壶开始追击九天。丁芸父亲丁群被杀。之后遇到江无双，左震河，裘千里等人。在仙狐谷，九天与七色祖父因交出内丹身故。仙狐谷外，遇到寻找仙狐内丹的冷仲秋。九天被追击，无奈释放炼妖壶中白虎修罗，投奔五将山修罗宫朱雀修罗，继而释放青龙修罗。洛水，辅子洵一行与梁错击退了敌人，但是轩辕剑仙被九天吸入炼妖壶，轩辕剑失去力量。经过重重困难，终于救回了轩辕剑仙以及击败了四修罗。修罗宫，决战之后。七色将自己的内丹交给了冷仲秋，恢复原形与同样变回狐形的九天归隐。为辅子洵挡下致命一击的丁芸，借朱媛沅身体还魂。轩辕伏魔录故事结束。
公元1216年，于小雪重新变回人形，常在终南山下陈靖仇与拓跋玉儿墓前回忆往昔
